Um die juvenile idiopathische Arthritis zu diagnostizieren, führt der behandelnde Arzt verschiedene Untersuchungen durch. Zunächst stellt er fest, ob grundsätzlich Symptome der Erkrankung vorliegen. Mithilfe eines Blutbildes können bestimmte genetische Merkmale festgestellt werden, die typisch für Betroffene der Erkrankung sind. Mithilfe verschiedener bildgebender Verfahren kann der Arzt zudem den Schweregrad der Erkrankung feststellen: Röntgenbilder zeigen bereits vorhandene Schäden an den Gelenken, mittels Magnetresonanztomographie (MRT) kann der Zustand der Gelenke und Knochen untersucht werden und in einer Ultraschalluntersuchung können sogenannte Gelenkergüsse und Veränderungen der Gelenkinnenhaut sichtbar gemacht werden.